Jeg vil umiddelbart give både dig og Luhmann ret.
Jeg ser hans syn på funktionssystemer som nogle arenaer der har nogle meget basale værdigrundlag og ikke er til at lave om på og derfor i sig selv som funktion samler folk sig omkring det. Hvor imod organisationssystemet samler mennesker som med nogle fælles ideer om noget bestemt og denne fællesskab fungere selvfølgelig men har et mere flyvsk grundlag, fordi her er der plads til forandring og til at tænke udover det aktuelle emne.

Jeg ser det som: Funktionssystemer = Værdigrundlag, hvor alt "idealt" kommer fra.
Organisationssystemer = Hvor alt det ideale bliver delt op i organisationer(grupper) til at blive diskuteret og gennemarbejdet. Det er muligt at ændre mening om politik, hvorimod fx kristendommen kan ikke bare ændre og hoppe over i en anden grøft.

Fortæl mig hvis jeg tager fejl :)

Men sådan har jeg forstået og fortolket det..
Held og lykke med opgaven :)

Kærligst Sofie